综合管理部：负责各级政府资源的整合、接洽、沟通，与相关政府部门建立深层次合作关系；中心内部行政、人力资源、财务、后勤管理；黄埔区中小企业网的建设及日常维护、客户服务、客户关系、会员管理；健全各产业集群的专家人才库、资料图书库、仪器设备库、技术标准库、官产学商资源库、企业发展课程库等，为行业提供最新的产业动态、发展资讯及创业辅导服务；编辑出版内部管理刊物《黄埔中小企业管理方略》（计划）。

项目管理部：负责整合协会、商会与中介服务机构资源及各类专家资源，组建中小企业成长专业资源库；为区内中小企业提供深层次的企业管理、人力资源、技术创新、技术改造、技术项目可行性研究、项目评价、项目申报咨询、代理、节能降耗、标准化、认证、安全、信息化建设、金融等方面的咨询服务；区内的招商、会展及企业品牌营销的相关服务工作。

项目咨询部：负责开拓业务，定期组织行业性管理论坛、讲座等活动；策划和执行政府培训项目，及针对产业集群的市场化培训项目。